Dzisiejsi naukowcy wyróżniają trzy główne typy wirusa - A, B i C i co najmniej kilkanaście odmian. Odmiany te związane są z występującymi na powierzchni wirusa białkami: hemaglutyniną (HA) i neuraminidazą (NA). Dzięki hemaglutyninie wirus przyczepia się i wnika do komórek nabłonka górnych dróg oddechowych (gardło, krtań, tchawica). Neuraminidaza zaś zmniejsza lepkość śluzu, przez co ułatwia zarówno przyczepianie cząstek wirusa, jak i przenoszenie zakażenia na niższe piętra układu oddechowego (rozrzedzony śluz łatwiej spływa w głąb oskrzeli). Bierze też udział w uwalnianiu z zakażonej komórki potomnych cząstek wirusa.Najcięższe zachorowania wywołują wirusy typu A, które występują także u różnych gatunków zwierząt. To właśnie w organizmach zwierząt wirus A co jakiś czas zmienia się tak bardzo, że "przeskakując" z powrotem na człowieka, wywołuje ciężką chorobę. Ostatni taki przypadek miał miejsce w 1997 r. w Hongkongu, gdzie serię zachorowań wywołał wirus grypy spotykany do tej pory jedynie u ptaków.